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E1天行健 第1集
天津大沽縣一家客棧中九人慘遭殺害，捕快王地保前去調查，通過唯一倖存者林安靜提供的線索，王地保推斷案犯來自棱西。 他以此線索追凶，攔截了準備離開大沽的融天劍派一行。
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E2天行健 第2集
存清告知門三刀，宮中丟失的藏寶圖指向了明朝富商汪直留下的巨額財富，此寶藏被南少林秘密封藏，稱作“淨壇密藏”。 大清多年來曾派出數名頂尖高手尋寶，但都以失敗告終。
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E3天行健 第3集
天津府內，門三刀通過被滅口的九人屍體推斷，他們死前遭受鞭刑用毒等，再結合陳五死前供詞，可知拿走當鋪銀票的接頭人有奇特裝扮，種種線索都指向了融天嶺一派。
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E4天行健 第4集
偽裝成進步學生的融天嶺弟子唐雨，因為接受了同盟會思想的洗禮，故向眾弟子傳達出了參與革命的意願，同門們也對此熱情高漲。 雨夜，他們在大車店歇腳，未曾想門三刀攜大內侍衛順著蛛絲馬跡找到了他們的所在地突襲。
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E5天行健 第5集
客棧內，格泰向門三刀講述出凈壇密藏的傳承原委——康熙年間，朝廷為尋得凈壇密藏圍剿南少林，最後一任方丈圓寂前，把藏寶圖交給了戒律院首座，但其後人卻出於貪婪投靠了朝廷，寶圖因此便收藏於文淵閣。
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E6天行健 第6集
融天嶺等人率先出手，對王地保群起而攻之，門三刀有惜才之心，下令內務府保下王地保，自己則出手對抗卓不凡。 門三刀和卓不凡對戰數十回合，難分高下，但也能看出二人彼此有點英雄惜英雄之意味。
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E7天行健 第7集
卓不凡看穿了譚先和柳琳的計劃，遂令霍芩潛入酒店逼問出譚先的秘密，卓不凡則在街道上攔截門三刀，以拖延時間。 酒店內，譚先抗住了霍芩用毒的威壓，把密件焚毀后服毒自盡，霍岑倉促間瞥到了上面的只言片字。
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E8天行健 第8集
烏蘭珊邀門三刀前來一敘，並送給他一條吊墜，門三刀不由自主地憶起與格格在宮裡初見時的情景，那時格格在宮中肆意的騎自行車，卻無意間撞到門三刀，並且無意間扯斷了門三刀的掛鏈，二人的緣分就此結下。
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E9天行健 第9集
懷揣心事的於煥傑回來后受到卓不凡的訓斥，愈加羞惱，但只能聽從卓不凡的建議連夜趕路前往山西。王地保傷癒，門三刀出於欣賞，欲將其調入內務府，但遭到王地保言辭懇切的拒絕，他直言自己的目標只有一個，就是將大沽命案的兇犯緝拿歸案。
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E10天行健 第10集
存清奉旨去上海賑災，順勢與門三刀釐清當前局勢，種種跡象表明，背後斡旋之人就是淇親王，當務之急便是抓緊找到凈壇密藏，助大清重振雄飛，於是門三刀帶上格泰再次動身，趕往山西。
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E11天行健 第11集
門三刀一行抵達汾州府，再次巧遇林浩瀚。 多番巧合使得門三刀對其生疑，令侍衛將林浩瀚抓來。 在一番詢問之下，因為林浩瀚太過巧舌如簧，但又顯得很詭計多端，依舊沒有獲得門三刀的信任。
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E12天行健 第12集
王地保衣衫襤褸地抵達汾州府，幾經波折終於找到北洋軍駐地，想要當面求見龍池將軍以遞交信函，卻沒想到士兵瞧不起王地保的裝扮，更是對他亮出的大沽縣衙捕快身份嗤之以鼻，便將其像叫花子一樣打發了。
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E13天行健 第13集
兆莊亂墳崗上，柳琳面對幾十座荒塚一籌莫展時，數名融天嶺弟子現身，少頃，門三刀也帶著內務府一干侍衛抵達此處，兩方勢力劍拔弩張。 同一時間，清伊信風、野上寒帶著林安靜和一隊武士暗中趕到，藏匿在山頭。
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E14天行健 第14集
深夜，門三刀與王地保約在酒館見面，兩人就近日發生的事情徐徐梳理后，達成共識。 他們既是同為大清效力的一方，與其各自行動，不如就此聯手。 因此兩人約定坦誠相待，展開通力合作。
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E15天行健 第15集
林浩瀚其實一眼便看出了瓷罐的產地，本想以此換取便利。林浩瀚對柳琳一番花言巧語，意在想趁此機會接近柳琳。但機智聰慧的柳琳也早已識破林浩瀚的小心思，正打算利用他的詭計，將計就計，套出了瓷罐的出處——福建安慧寺。
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E16天行健 第16集
晌午，王地保與門三刀在城郊官道碰頭，二人皆被迷惑，故竭力追擊莫堃、於煥傑一行。 然而此時莫堃心下已然明瞭，這是在以自己作餌來調虎離山。
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E17天行健 第17集
北洋這邊，鍾海潮這才得知，凈壇秘藏的秘密和淇親王的陰謀，他終於明白，自己一直在被利用，十分憤怒。夜晚，林安靜在車廂內對王地保溫柔寬慰，令王地保動容，講述出自己從讀書人成為捕快的曲折無奈，以及自己武功師從破廟老瘋子的過往。
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E18天行健 第18集
福建泉州，卓不凡正帶著弟子們休整，於煥傑一行風塵僕僕趕到，與其匯合。 於煥傑對卓不凡破口大駡，怒斥他無情無義，莫堃師叔早知計劃卻依舊甘願赴死。 卓不凡震驚，久久不能自己。
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E19天行健 第19集
寺門外，王地保率領北洋軍列隊趕到，三方繼續混戰，卓不凡落得下風，落荒而逃。 而後王地保問門三刀寺內詳情，門三刀坦言自己沒有得到任何資訊，也將自己身份一事隱瞞。
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E20天行健 第20集
林安靜佯作生病，讓王地保去日本人安排好的藥店買葯，以此將卓不凡等人已回京城的線索告訴王地保。 王地保即刻決定前往京城，追蹤卓不凡等人。 淇親王府內，淇親王怒斥卓不凡辦事不力，沒有拿到菩提封印。
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E21天行健 第21集
淇親王告知卓不凡，四十多年前，有一位達摩傳人在內衙的圍堵下逃脫，現在或許還存活，此人身上可能有寶藏的線索。 卓不凡速往達摩傳人所在地天津，尋找第三份寶圖的下落。
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E22天行健 第22集
笠日清晨，林安靜偽造了落紅，失神地想起六年前自己也是使用了美人計盜取情報，被自己的初戀殘忍折磨，而她最終也親手殺死了第一個動心的人。
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E23天行健 第23集
林浩瀚給門三刀帶來了好消息——焦木共四塊，且將漆面剝離，能看到“寶”、“五”、“三”幾個字。 林浩瀚以此邀功，請求門三刀帶他一同尋找密藏。
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E24天行健 第24集
深夜，柳琳在烏蘭珊房中無意間發現《西廂記》、《鏡花緣》等書的封面下，竟然是《新民說》和《中國同盟會革命方略》，大為震撼。 而回頭刹那間，烏蘭珊正表情嚴肅地拿槍對準柳琳。
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E25天行健 第25集
林浩瀚新店的開業典禮上，烏蘭珊見到門三刀，話裡話外傳達出大清腐朽，需行變革的思想，門三刀頗為訝異，但也陷入思考。與此同時，王地保從林浩瀚那得了枚戒指，回到客棧便真誠地向林安靜求婚，而且打算立即回大沽辦婚事。
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E26天行健 第26集
姜恨與門三刀的對話也被淇親王安排好的卓不凡聽到。 卓不凡向淇親王複命，二人復盤姜恨此前的計劃。 卓不凡打算先去江南拜會戒律院傳人，再赴寶和之約。
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E27天行健 第27集
烏蘭珊跟隨鍾海潮先一步前往福建，在京城離別時，烏蘭珊與門三刀對視片刻，隨後湊近一步，對他耳語推翻腐朽清廷的意願，這無異於給門三刀的內心再添激蕩。
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E28天行健 第28集
存清心灰意冷，一路深思熟慮後，決定暗中刺殺淇親王。 他心知此番凶多吉少，於是在門三刀臨行去福建前將自己的金腰牌托付出，屆時可直接覲見攝政王載灃。
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E29天行健 第29集
泉州，北洋駐地，烏蘭珊心知鍾海潮不甘在亂世中作為棋子，因而試探其對於皇權和北洋的態度，並探聽其行動計劃，鍾海潮有所防備，顧左右而言他。
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E30天行健 第30集
北洋駐地內，烏蘭珊以將鐘海潮捉姦在床、生氣發火為計偷偷在鐘海潮辦公室翻看檔密信，獲取消息。 烏蘭珊偽裝成惠安女密會柳琳，告知其北洋正在對密藏虎視眈眈，並且很可能使用非常手段奪取。
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E31天行健 第31集
融天嶺一行隨後趕來，幾方勢力蠢蠢欲動。 於煥傑暗中觀察，將所見所聞一一彙報給鐘海潮。 而鐘海潮轉頭便與清伊信風做交易，約定只要四個封印齊聚，就立馬殺了門三刀、王地保和卓不凡。
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E32天行健 第32集
五月初六，仄澤居內外，肅殺之氣暗涌。 各方勢力蓄勢待發，嚴陣以待。 門三刀交代柳琳，從此時起，她便不再是自己的犯人。 門三刀放柳琳離開，叮囑她去西郊的一家黃記肉鋪，那裡自會有人接應。
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E33天行健 第33集
門三刀與卓不凡比試一場，此時的卓不凡只能與練就了南少林三法印劍的門三刀勉強平手，兩人產生了惺惺相惜的情感。 門三刀向卓不凡和王地保提議，通過畫一條線為標記告知般若傳人在浮土寺見面。
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E34天行健 第34集
王地保與林安靜對立，看著雨幕中的林安靜，王地保陷入極致的矛盾與痛苦。 他仍然認她為自己的發妻，但作為朝廷的捕快，身負對大清的責任信仰，讓他斷然抽刀了結了背叛自己與大清的林安靜。
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E35天行健 第35集
門三刀再見王地保，得知其已將卓不凡和霍芩擊殺，氣憤不已，斥責王地保的頑固和絕情。 王地保緊握曾送給林安靜的戒指，表示自己必須遵循大清律例。 自古忠孝兩難全，情與法也是如此。
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E36天行健 第36集
門三刀和烏蘭珊帶著昏迷的王地保，等待般若傳人的到來，王地保醒來后，門三刀告訴他，自己已將其身上象徵著達摩封印的紋身印下。
