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E1長安十二時辰 第1集
天寶三載，長安城內上元節西市開市人聲鼎沸，一隊狼衞趁機冒充商隊混入西市，欲圖不軌。靖安司司丞李必奉命追查狼衞，但秘密抓捕計劃失敗，狼衞首領曹破延逃脱。
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E2長安十二時辰 第2集
張小敬剛想去捉拿曹破延，崔器向他透露了李必的真實目的，李必把眾人支開，只留下張小敬，告知自己想做主宰萬民命運的宰相，雖不能免張小敬死罪，但可讓他再當一日不良帥。
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E3長安十二時辰 第3集
新豐縣丞吉温從靖安司的暗樁那裏得到了太子的又一罪狀，林九郎得知後想趁機廢黜太子。張小敬對圖格魯窮追不捨，圖格魯只好挾持了一個小男孩，揚言自己有長安城的輿圖，逼迫百姓把張小敬強行趕走。
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E4長安十二時辰 第4集
狼衞真正的目的是蓄意縱火，張小敬焦灼不已，檀棋得知後立刻彙報給李必。何執正主動替張小敬接受火海的洗禮，大司儀只好作罷。檀棋打探到影女被殺，李必因此缺少指控林九郎的證據。
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E5長安十二時辰 第5集
龍波藏身於昌明坊的李家商鋪，魚腸趁亂從圖格魯身上搜到一塊輿圖，急匆匆交給龍波。徐賓查到龍波家裏有一塊思恩客的牌子，張小敬決定去找了解青樓底細的人。工部吏員封大倫知道張小敬自顧不暇，派熊火幫秦鈺對付他。
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E6長安十二時辰 第6集
葛老掌管長安的各種黑色交易，張小敬提出讓葛老協助查案，葛老要求張小敬出賣暗樁，張小敬指認小乙，這讓張小敬失去了所有長安不良人的支持。葛老指認恩客令的主人是一個叫瞳兒的青樓女，恰巧被葛老關押着。
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E7長安十二時辰 第7集
張小敬無奈戳穿瞳兒情郎的真面目，瞳兒交待了龍波曾帶自己去過的宅院地點。張小敬興沖沖出發，卻遭到長安不良人的集體威脅，眾叛親離，眼下再無以前的部下可以調用，姚汝能也藉故離開。
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E8長安十二時辰 第8集
聞染告知張小敬，自己今日所為都是為了能讓其逃離死牢，希望張小敬不要再查此案，張小敬情急中假意附和，隨後隻身闖入狼衞大宅。張小敬獨鬥狼衞，但狼衞麻格爾以王韞秀性命相要挾，張小敬被擒。
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E9長安十二時辰 第9集
張小敬給狼衞繪製了林九郎府邸的地圖，指點狼衞攻擊此處。林九郎懷疑張小敬與熊火幫的過節，細查後發現，正是僱傭熊火幫導致聞無忌死亡，張小敬因此怒殺熊火幫三十四人。林九郎指使熊火幫趕去修政坊大宅，趁亂殺死張小敬。
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E10長安十二時辰 第10集
張小敬挑動狼衞和熊火幫互毆，終於堅持到崔器帶領旅賁軍趕來，混戰後，熊火幫殘餘逃走，五十名狼衞大部分被殲滅，張小敬受傷昏迷，聞染被逃脱的狼衞曹破延及麻格爾帶走。
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E11長安十二時辰 第11集
檀棋尚未回報消息，姚汝能通知李必必須結案，李必心中焦灼，擔心有意外。檀棋用望樓報告靖安司，狼衞尚有兩人在逃。聞染為了自保，答應帶狼衞去見今日的真正行動者。
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E12長安十二時辰 第12集
右剎貴人的貼身扈從路達、睿葛來討要尚未付清的酬金，但兩人瞬間被魚腸擊敗。龍波安排蚍蜉趕車離開，並在庫房設下伏火雷，留下曹破延等狼衞做誘餌。檀棋按張小敬所説，暗示永王讓熊火幫釋放綁來的姑娘，永王讓封大倫緝捕張小敬。
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E13長安十二時辰 第13集
魚腸匆匆趕往假宅並與張小敬交手，魚腸以聞染下落為誘餌，誘使張小敬放出煙丸，將追擊來的旅賁軍引向錯誤的方向。王韞秀告知元載，自己親眼目睹張小敬給狼衞繪製李相府的地圖，元載立即報知李相邀功。
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E14長安十二時辰 第14集
昌明坊爆炸的消息傳回靖安司，李必驚覺闕勒霍多就是指伏火雷。大案牘術推演出徐賓與張小敬曾是舊識，李必懷疑張小敬挾私報復故意將狼衞引致右相府。林九郎向聖人密奏，狀告太子四大罪名。
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E15長安十二時辰 第15集
林九郎擔心遇刺，不肯赴宴，並派吉温去查大案牘術締造者徐賓的底細。李必跟蹤徐賓來到懷遠坊一處隱秘的工坊，李必赫然發現徐賓這座工坊是一個隱秘的造紙坊，徐賓告知李必實情，李必感懷其痴，打消了對他的懷疑。
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E16長安十二時辰 第16集
張小敬在靖安司望樓的協助下，百般驚險搏鬥，終於除掉一名狼衞和一輛馬車。李必一面調兵協助張小敬追擊狼衞，一面清理靖安司附近道路疏散百姓，準備以自己為誘餌。
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E17長安十二時辰 第17集
郭利仕傳聖旨，令靖安司結案，全司人等功過相抵，各調回來處，張小敬也將被送回死牢。李必秘令檀棋私放張小敬查案，但崔器受了姚汝能的蠱惑，帶全體旅賁軍叛逃到右驍衞，並且抓走了張小敬。
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E18長安十二時辰 第18集
李必趕到何執正宅，此時何宅中卻出現異狀，所有的家僕都離奇的死在一間柴房內，但李必卻並不知情。檀棋久候李必消息不至，冒險靠騙術闖入右驍衞營救張小敬。
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E19長安十二時辰 第19集
張小敬等人陷入與右驍衞的苦戰，右驍衞將軍甘守誠帶重兵圍捕，三人不敵被捉。檀棋為了拖延時間，保護張小敬和姚汝能，不惜以奴隸身份跳舞取悦甘守誠。
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E20長安十二時辰 第20集
姚汝能始終懷疑張小敬和聞染的關係，張小敬坦誠的説明了自己與聞染的關係，姚汝能決心將關在靖安司中的聞染放出。
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E21長安十二時辰 第21集
張小敬闖入普遮房間，赫然見到刺客逃走，張小敬追了出去，伊斯也跟隨幫忙，但刺客並非孤身前來，聯合同黨製造混亂後逃脱了。在檀棋的建議下，他們對外宣告普遮未死，需要送往醫館救治，刺客冒充醫官前來劫持普遮時被張小敬抓獲。
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E22長安十二時辰 第22集
林九郎聽聞郭利仕公開支持靖安司，決意趁機一舉給太子、何執正、郭利仕等人羅織罪名奪其權勢。郭利仕想到的解救眾人的險招，就是捉住何孚，讓何孚承認是獨自謀劃。
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E23長安十二時辰 第23集
李必對魚腸加以審問，魚腸抵死不供還險些將李必殺死。張小敬檀棋伊斯趕往劉記書肆繼續追查，張小敬告訴檀棋伊斯，當年烽燧堡戰役後，他們第八團的兄弟實際上還有八個人活着，只是除了聞無忌之外都不知所蹤。
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E24長安十二時辰 第24集
張小敬和檀棋、伊斯來到劉記書肆，開門的正是守捉郎的火師，而這個人竟是張小敬的老戰友丁老三。龍波帶着魚腸和一眾蚍蜉從靖安司全身而退，而靖安司內一片屍山火海傷亡慘重，所有的資料都被大火焚燬。
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E25長安十二時辰 第25集
守捉郎誤會火師丁老三死於張小敬之手，召集全城的守捉郎追殺張小敬。李必被龍波扣押在藏身大宅中，看到望樓傳來緝拿張小敬的信號，一時心灰意冷。
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E26長安十二時辰 第26集
何孚被挖去雙眼和李必關在了一起，李必逼問刺殺林九郎的幕後真兇是不是何執正，何孚讓他親自去問。龍波派聞染殺了李必，李必情急之下説出只有他能讓張小敬活下來，但是要讓他回到靖安司。
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E27長安十二時辰 第27集
林九郎逼問何孚行刺的緣由，讓他供出何執正和太子，何孚閉口不談堅持等三司會審再講明真相。李必被關在平康坊地下城的私牢裏，他反覆説明要出去查案，這關乎長安城數十萬百姓的性命，可看守當他説胡話對他置之不理。
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E28長安十二時辰 第28集
張小敬在地下城與李必不期而遇，倆人把前因後果捋了一遍，斷定龍波刺殺林九郎就是一個幌子。
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E29長安十二時辰 第29集
張小敬拿着葛老的信物到劉記書肆找代理火師，因為守捉郎的情報都是葛老提供的，他們對葛老言聽計從，根據代理火師給的線索，張小敬去取契約卻發現已經被損毀，逼問守捉郎後才知道魚腸先他一步燒燬了契約。
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E30長安十二時辰 第30集
李必想留在山上修道，姚汝能苦苦規勸，兩個人大吵一架後李必把姚汝能攆走了。何執正發現何孚被挖去雙眼，心疼地老淚縱橫，面對李必的審問何孚，誣陷太子派他謀刺林九郎，反覆聲明何執正是清白無辜的。
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E31長安十二時辰 第31集
李必想起徐賓曾經説解決問題的關鍵就是活着，他想先救檀棋出去，再告發林九郎獨霸三司的罪名，他硬着頭皮在供狀上簽字畫押。檀棋留在右相府做人質，李必來向檀棋告別，檀棋讀懂了他的隱忍和堅毅。
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E32長安十二時辰 第32集
李必懷疑聖上是想利用林九郎和太子之爭搞平衡，藉機穩定皇權，郭利仕厲聲喝止他。李必來見太子，向他講述了自己在供狀上簽字畫押的原因，並拜託太子救出檀棋。郭利仕奉聖上的命令給林九郎送來一件布衣，讓他穿着去參加燈宴。
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E33長安十二時辰 第33集
遍體鱗傷的姚汝能被人扔在大街上，一個神秘男子出現要帶走他，承諾會讓他光耀門庭。檀棋感謝李必的救命之恩，可心裏對他生出了嫌隙，李必向她賠禮道歉，解釋情非得已才捨棄她保太子。
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E34長安十二時辰 第34集
蚍蜉們假扮工匠張洛發現異常，他想上前打聽清楚，卻被蚍蜉們推下河。
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E35長安十二時辰 第35集
檀棋懇請嚴羽幻出面求聖上赦免張小敬的死罪，並謊稱張小敬是她的情郎，嚴羽幻才勉強答應。林九郎和永王互相為對方邀功，聖上指出太子辦事不利，何執正站出來為太子解圍，當眾揭穿營建小勃律使館那塊地是強取豪奪。
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E36長安十二時辰 第36集
太子和林九郎唇槍舌戰，互相指摘責，聖上見狀更加確定太子指使何孚刺殺林九郎是真的。龍波向李必炫耀自以為天衣無縫的刺殺計劃，李必只想知道他的幕後主使。
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E37長安十二時辰 第37集
聖上望着燈樓上金碧輝煌栩栩如生的大仙燈，對毛順的設計嘖嘖讚歎。張小敬百思不得其解，不知道毛順為何要配合龍波造這個毀滅長安城的大仙燈，毛順娓娓道出了其中緣由。
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E38長安十二時辰 第38集
倖存的兄弟唯一願望是想回到長安城與家人團聚，可他們飢寒交迫，聞無忌就給大家講長安城的各種珍饈美味緩解飢餓感。禮部侍郎張某言宣佈上元夜放宴，大酺羣臣與天下百姓共賞奇燈，張小敬觸景生情，不由地想起那悲壯慘烈的烽燧堡之戰。
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E39長安十二時辰 第39集
敵軍三千援軍很快抵達烽燧堡，第八團僅剩十三人，丁老三振臂高呼，號召兄弟們和敵軍決一死戰九死無悔。張小敬迷糊中想起當年伏火雷炸死敵軍的那一幕嚇得驚醒過來，他強忍着傷痛去阻止龍波，也就是他第八團的好兄弟蕭規。
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E40長安十二時辰 第40集
何執正直言不諱提醒聖上如果對自己親生的孩子都不好，又如何能庇佑天下萬民，這番話無疑是給聖上敲警鐘。張小敬看清眼前這個殺人不眨眼的暴徒就是自己第八團的生死兄弟蕭規時，還是很震驚，故友重逢但更多的是敵意。
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E41長安十二時辰 第41集
聖上當眾為難太子，太子左右為難急忙跪倒在地，藉口身體不適提前告退，聖上也沒有阻攔。
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E42長安十二時辰 第42集
聖上理解何執正愛大唐和疼惜太子的心，不再追究他的罪責，何執正目睹聖上振興大唐的決心，羞愧難當跪地請罪。張小敬想去砍斷麒麟臂，魚腸甦醒過來兩人再次大打出手，最終魚腸因體力不支被張小敬制服。
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E43長安十二時辰 第43集
波眼帶着聖上順着暗道離開，林九郎和其他僥倖逃出來的官員被元載救出，郭利仕為了安撫民心謊稱聖上一切平安。太子派人全力搜尋聖上的下落，可李靜忠苦勸他趁機繼位，以免大唐江山落入別人的手中。
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E44長安十二時辰 第44集
户部的抄錄員祝慈帶妻子和兒子祝玄給平康坊貧民街百姓送救濟物資，祝玄突然看到被六品官打傷躺在路邊的聖上，他趕忙把父母叫來，祝慈把聖上攙上車，想送他回家，結果卻被聖上懷疑圖謀不軌。
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E45長安十二時辰 第45集
甘守誠一意孤行想下令刺殺太子，何執正和寧王孫帶人前來救人，何執正狠狠教訓了甘守誠，甘守誠急忙跪倒在地，發誓會全力輔佐太子，然後領兵撤走。李必回到靖安司，吉温下令趙參軍殺了他，吉温不知該如何抉擇只好先把李必關起來。
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E46長安十二時辰 第46集
程參提出按照李必的想法查案，無論查出誰是真兇都要嚴懲不貸，何執正讓他全力去查。張小敬想起慘死的聞染就痛不欲生，龍波向聖上詳細講述了他和聞無忌之間的趣事，以及聞無忌在戰場上舍命救他的事。
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E47長安十二時辰 第47集
程參判斷龍波就是利用何孚報仇心切，他真正的計劃是假借刺殺林九郎，然後精心部署炸燬太上玄元燈樓，以燈樓刺殺聖上。毛順畫的大燈樓的草圖上有人模仿何執正的筆記寫了一行小字，但檔案房全部被燒已經無從查證，程參覺得徐賓可疑。
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E48長安十二時辰 第48集
聖上斷定徐賓的幕後主使是太子，徐賓自詡有做宰相的才能，他一個人精心謀劃了刺殺聖上的所有計劃。徐賓指出聖上寵信奸佞禍亂朝綱，譴責他不該重用林九郎，聖上終於明白了徐賓的苦心。
